Keesokan harinya, Novel diterbangkan ke Singapura untuk menjalani operasi dan perawatan matanya yang berakhir pada Februari 2018 ketika ia kembali ke Indonesia. Air keras yang mengenai wajah Novel menyebabkan kebutaan permanen pada mata kirinya.
Polri kemudian membentuk tim gabungan pencari fakta yang terdiri dari penyidik KPK, anggota kepolisian, Komnas HAM, serta akademisi pada Januari 2019 sebagai upaya penyelidikan serangan terhadap Novel.
Tim gabungan tersebut berjalan di bawah komando mantan Kapolri Tito Karnavian. Setelah penyelidikan berjalan beberapa bulan tanpa perkembangan, Presiden Joko Widodo memberikan tenggat 1 bulan kepada Idham Azis untuk menyelesaikan kasus penyerangan Novel setelah pelantikannya sebagai Kapolri pada 1 November 2019.
Pada 26 Desember 2019, Polri menyatakan bahwa pelaku penyerangan Novel telah berhasil ditangkap.
Baca Juga:Kembali ke Polri Usai Disingkirkan KPK, Novel Baswedan: Pilihannya Sulit
Dua pelaku tersebut adalah Ronny Bugis dan Rahmat Kadir, dan merupakan anggota aktif kepolisian. Novel menyatakan bahwa kedua pelaku tersebut hanyalah orang suruhan, dan meminta kepolisian mengungkap dalang utama yang memerintahkan kedua pelaku.
Pada sidang tuntutan pelaku yang diselenggarakan pada 11 Juni 2020, jaksa penuntut umum menuntut majelis hakim untuk menjatuhkan hukuman pidana terhadap kedua pelaku selama satu tahun penjara.
Tuntutan jaksa tersebut mendapat kecaman luas karena dianggap terlalu ringan dan memihak pelaku.
Pada Juni 2021, Novel masuk dalam daftar 75 pegawai KPK yang tidak lulus Tes Wawasan Kebangsaan (TWK). Yang dijadikan syarat kelulusan alih status pegawai KPK sebagai Aparatur Sipil Negara (ASN).
Namun, kebijakan ini menimbulkan kontroversi. Atas polemik ini, Novel cs mengadu ke Komnas HAM.
Baca Juga:Novel Baswedan Resmi Menerima Tawaran Jadi ASN Polri
Kini, Novel Baswedan kembali ke Polri tapi bukan polisi namun sebagai ASN.