Pada 5 Oktober 2012, sejumlah polisi dari Kepolisian Bengkulu mendatangi gedung KPK untuk menangkap Novel atas kasus penganiayaan tersangka pencurian sarang walet saat ia bertugas sebagai Kasatreskrim di Polres Bengkulu pada tahun 2004.
Kasus tersebut pada akhirnya dihentikan setelah permintaan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, terlebih setelah laporan Ombudsman yang mendapati beberapa kejanggalan terkait pemrosesan kasus penganiayaan yang dituduhkan terhadap Novel.
Pada tahun 2014, Novel memutuskan mundur dari Polri dan menjadi penyidik tetap KPK setelah perintah Mabes Polri yang menarik kembali seluruh penyidik yang berasal dari kepolisian.
Pihak kepolisian membuka kembali kasus penganiayaan yang dituduhkan terhadap Novel pada tahun 2015, walaupun penyelidikan sudah dihentikan sejak 2012.
Baca Juga:Kembali ke Polri Usai Disingkirkan KPK, Novel Baswedan: Pilihannya Sulit
Novel tidak memenuhi panggilan Polri untuk pemeriksaan kasus tersebut pada Februari 2015, terlebih dengan perintah Plt. Ketua KPK Taufiequrachman Ruki kepada Novel untuk tidak memenuhi panggilan Polri.
Ditangkap
Pada 1 Mei 2015, Novel ditangkap di kediamannya atas kasus tersebut. Banyak pihak mengaitkan penangkapan Novel oleh Polri sebagai balas dendam atas penyelidikan terkininya terkait kasus korupsi pengadaan simulator uji kendara SIM yang menjerat Irjen Djoko Susilo, serta kasus rekening gendut yang melibatkan Komjen Budi Gunawan pada tahun yang sama.
Pada Juni 2021, Novel masuk dalam daftar 75 pegawai KPK yang tidak lulus Tes Wawasan Kebangsaan (TWK). Yang dijadikan syarat kelulusan alih status pegawai KPK sebagai Aparatur Sipil Negara (ASN). Namun kebijakan ini menimbulkan kontroversi. Atas polemik ini, Novel cs mengadu ke Komnas HAM.
Pada subuh 11 April 2017, Novel disiram dengan air keras oleh orang tak dikenal di dekat kediamannya di Kelapa Gading, Jakarta Utara.
Baca Juga:Novel Baswedan Resmi Menerima Tawaran Jadi ASN Polri
Serangan tersebut terjadi di tengah upaya Novel menyelidiki kasus korupsi pengadaan KTP Elektronik yang melibatkan anggota DPR serta oknum pemerintah, dan telah menjerat Ketua DPR Setya Novanto.
