Dalam perkembangannya, ketika Abdullah Sungkar keluar dari NII dan mendirikan Jemaah Islamiyah pada Juni 1993, di mana Hambali ikut membahas konsep 'ideologi' JI, tulis As'ad.
Dan ketika Hambali menjadi salah-seorang pimpinan mantiqi (wilayah) satu JI (meliputi Malaysia, Singapura, Thailand selatan), dia dipercaya mewakili JI ke Afghanistan.
Saat itu kelompok Taliban yang berkuasa dan Osama bin Laden diizinkan membuka kamp pelatihan militer di sana.
Di sanalah, menurut Nasir Abbas, yang pernah menjadi pimpinan JI dan menyatakan keluar, Hambali menjadi penghubung JI dan Al-Qaeda serta Taliban
Baca Juga:Wisata Bali: Dark Tourism, Konsep Kunjungan Mengenang Tragedi Alam dan Perbuatan Manusia
"Hambali kemudian bertemu Osama bin Laden," ungkap Nasir.

Pertemuan itu, antara lain, membahas bahwa JI akan mengirim anggotanya untuk berlatih militer di kamp-kamp di Afghanistan.
Dalam amatan Al Chaidar, peneliti tentang terorisme, Hambali kemudian memiliki "hubungan khusus" dengan Al-Qaeda dan Taliban.
"Hambali memainkan peranan sebagai penghubung paling utama antara Abdullah Sungkar, Abubakar Baasyir dari JI dengan Al-Qaeda dan Taliban," papar Al Chaedar kepada BBC News Indonesia.
Mengapa Hambali yang dipilih, Al Chaidar menganggap karena dia sosok yang paling dipercaya, sudah dikenal, dan memiliki kemampuan berbahasa Arab.
Baca Juga:Terima Remisi Lebaran, Narapidana Terorisme Umar Patek: Alhamdulillah