Selama sekitar tiga tahun berada di tempat penahanan itu, Hambali dan lainnya akhirnya dipindahkan ke Guantanamo pada September 2006.
Persidangan mereka digelar oleh Mahkamah Militer AS dan bukan peradilan sipil, yang berungkali dikritik oleh pengacaranya dan para pegiat HAM dunia.
